Родился в крестьянской семье. Мать — поэтесса Розия Озодr В 1928—1929 годах учился в Самарканде, где его наставниками были С. Айни и Гафур Гулям. В 1935 году окончил Всесоюзный коммунистический институт журналистики в Москве. Основная книга — «Таджики», посвящённая истории народа. Считал, что процесс консолидации таджиков из племён в единую нацию ещё не завершён, и для этого процесса необходимо создание национальной истории. Историк-археолог Б. А. Литвинский утверждал, что книга «Таджики» на самом деле написана им совместно с женой Е. А. Давидович; это заявление вызвало протесты таджикских учёных[5]. Слухи о том, что труды Гафурова фактически пишут другие люди, ходили и в Институте востоковедения. По словам А. А. Формозова, «ни для кого из членов учёного совета не было секретом, что книга „История таджикского народа“ написана вовсе не диссертантом, а И. С. Брагинским»[6]. По воспоминаниям И. М. Дьяконова, «единственный из всех первых секретарей, он понял, что это положение может быть не вечным, и благоразумно опубликовал собственную книгу „История Таджикистана“. Кто её готовил, я не знаю. Мой брат М. М. написал на неё довольно отрицательную рецензию, не принимая во внимание того, что ему ещё придётся и в будущем, как археологу, работать в Таджикистане. Но и Гафуров не обиделся, а выпустил новое издание книги с поправками, после чего был избран действительным членом в республиканскую академию».

В 1989 году белорусский географ Александр Гончаров и геоботаник, доктор географических наук, профессор Белорусского государственного педагогического университета Окмир Агаханянц обсуждали изданный на русском языке в двух томах труд Гафурова «Таджики». Агаханянц, который долгое время жил и работал в Таджикистане и лично знал Гафурова, исключительно высоко отзывался о нём как об учёном-историке и считал изданную монографию блестящим научным трудом по истории таджикского народа.

С 1956 года — директор Института востоковедения АН СССР. Зарекомендовал себя как осторожный и взвешенный администратор, умевший гасить конфликты, «энергичный и способный организатор» (И. М. Дьяконов), «восточный мудрец» (Ф. А. Тодер). При этом он был весьма жёсток, вплоть до увольнений, к сотрудникам, допускавшим политические высказывания, и «подписантам»; в нём чувствовался и начальник сталинского поколения. В. М. Алпатов считает директорство Гафурова лучшим периодом в жизни института. При Гафурове в институте появилось много молодых сотрудников, в том числе бывших репрессированных, демобилизованных военных, впервые была создана особая лингвистическая структура — Отдел языков, начались поездки советских востоковедов в исследуемые страны, было создано Издательство восточной литературы.

Член-корреспондент АН СССР по Отделению исторических наук (история СССР, археология) с 20 июня 1958 года, академик АН СССР по отделению истории (всеобщая история) с 26 ноября 1968 года.

В последние годы он фактически отошёл от дел в связи с болезнью, хотя оставался в должности до конца жизни. Преемником Гафурова во главе ИВ АН СССР был Е. М. Примаков.

Последние годы

В 1974 году высокопоставленный коммунист Б. Г. Гафуров совершил хадж, посетив Мекку, что вызвало сенсацию. Это событие объясняли и как искреннее обращение к религии, и как политический ход с целью улучшить отношения СССР с Саудовской Аравией.